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Istruzioni iniziali

  1. Scaricare e installare i seguenti applicativi rispettando l’ordine d’installazione:

    1. R (https://cran.r-project.org/)

    2. Git (https://git-scm.com/downloads)

    3. RStudio (https://posit.co/download/rstudio-desktop/)

  2. Creare un account personale su [GitHub] (https://github.com/)

  3. Installare i seguenti pacchetti che saranno utilizzati nel corso, copiando e incollando nella consolle di R questa istruzione:

install.packages(c("tidyverse", "readxl", "here", "janitor", "openxlsx", "gt", "knit", "rmarkdown"))
  1. Configurare il file .Rprofile

Usando il seguente comando

file.edit("~/.Rprofile")

si aprirà il file .Rprofile in RStudio. Procedere copiando nel file le seguenti istruzioni

library(here)

#funzione che carica pacchetti di default
pkg <- function(){
  library(tidyverse)
  library(readxl)
  library(openxlsx)
  library(gt)
  library(janitor)
}

#funzione che inizializza un progetto
rproj <- function(){
  dir.create("R")
  dir.create("dati")
  dir.create("report")
  file.create(here("R", "codici.R"))
  file.create(here("report", "notebook.rmd"))
  fileConn<-file(here("report","notebook.rmd"))
  writeLines(c("---",
               "title: 'R Notebook'",
               "output: html_notebook",
               "---", 
               "",
               
               "```{r}",
               "source(here('R', 'librerie.R'))",
               
               "```",

               "# CAPITOLO",
               "## Paragrafo",
  
               "### Subparagrafo", 
               
               "#### Subsubparagrafo"), fileConn)
  close(fileConn)
  
  file.create(here("R", "librerie.R"))
  fileConn2<-file(here("R","librerie.R"))
  writeLines(c("library(tidyverse)", 
               "library(openxlsx)", 
               "library(readxl)"), fileConn2)
  close(fileConn2)
  
  fileConn3 <- file(here("R", "codici.R"))
  writeLines(c("source(here('R', 'librerie.R'))"), fileConn3)
  close(fileConn3)
  
}

Salvare e chiudere il file .Rprofile

Ora R è configurato in modo che ogni volta sarà aperto richiamerà la libreria “here” e renderà disponibile nell’ambiente globale la funzione rproj.R che potrà essere utilizzata per inizializzare nuovi progetti, come descritto nel prossimo paragrafo.

  1. Creare una cartella in Desktop denominata Rprogetti che ospiterà i progetti di R

Inizializzare un nuovo progetto

I nuovi progetti vanno inizializzati dapprima nel repository github e poi clonati sul PC locale.

Aprite il sito GitHub e accedete con login e pwd. Cliccate su “New Repository”. Proseguite dando un nome al repository seguendo i suggerimenti. Scrivete una piccola descrizione dei contenuti del progetto. Selezionate “Private” per rendere privato il contenuto del repository ( questa scelta influenzerà l’eventuale attività di scrittura collaborativa, ma potrà essere modificata anche in un secondo tempo a seconda delle necessità). Mettete la spunta su “ADD a Readme file”. Concludete l’operazione cliccando sul pulsante verde “Create repository”.

A questo punto avete creato un contenitore vuoto che ospiterà in seguito i file del progetto di cui volete garantire il controllo delle versioni, il costante aggioranamento e una sicura archivazione nel cloud.

Clonare il progetto dal repository di GitHub nel PC locale

Copiate dalla barra degli indirizzi della pagina del nuovo repository l’indirizzo web che dovrebbe avere questa forma:

https://github.com/Utente/Progetto.

Aprite RStudio e create un nuovo progetto utilizzando il comando New Project dal menu a tendina File. Scegliete l’opzione Version Control nella finestra di Dialogo dei nuovi progetti e quindi l’opzione Git. Incollate nella barra Repository URL l’indirizzo del repository del progetto precedentemente copiata. Nella barra Project directory name inserite il nome del Progetto e in Create project as subdirectory of: inserite il percorso della cartella Rprogetti presente nel desktop e che avete creato nel passo 6 delle istruzioni sopra. A questo punto cliccate il pulsante Create Project e R procederà a creare un nuova cartella in Rprogetti denominandola con il nome del progetto e all’interno clonerà i file presenti nel repository. Questa operazione si conclude con R che apre RStudio all’interno del nuovo progetto. Nel Pannello in basso a destra sotto la finestra file potrete visionare i file presenti nel progetto. In questa fase nella cartella del progetto non ci sono ancora le cartelle e i file tipici di un progetto R. Quindi eseguite la funzione rproj() semplicemnte scrivendo nella consolle di R l’istruzione rproj(). La funzione creerà nella cartella del progetto le seguenti cartelle:

  • R che contiene il file codici.R in cui scrivere i codici di R, il file librerie.R con un elenco delle librerie di base da caricare

  • dati vuota, che ospiterà i dati del progetto

  • report che contiene il file notebook.rmd già con una configurazione di base per l’utilizzo come documento di reportistica dei risultati

Programma del corso

1° Incontro

R, RSTUDIO e GIT

Argomenti trattati

  • Panoramica su R e sulle funzionalità di RSTUDIO e GIT

  • Project in RStudio

  • Pacchetti di R

  • Concetti di base di R:

    - R base;  

- enviroment; 

- oggetti;  

- vettori; 

- liste; 

- dataframe;

- tipi di dati (character, double, numeric, factor, integer); 

- cenni di programmazione funzionale

2° Incontro

Gestione, manipolazione dei dati (data wrangling)

Introduzione al Tidyverse:

3° Incontro

Visualizzazione dei dati

grafici - ggplot2

tabelle - gt, flextable

4° Incontro

Statistica con R

I test statistici sono modelli lineari

Riproducibilità della ricerca con R

  • reportistica con rmarkdown;
  • controllo versioni e lavoro collaborativo con GIT

 



A work by Massimo Tranquillo